Медико-фармацевтический колледж образован в сентябре 1924 года и открывался он как Томская фармацевтическая школа.

Фармшкола была организована на средства Губернского отдела профессионально-технического образования и Губернского фармуправления на базе медицинского факультета Томского государственного университета. В 1925 году городские власти предоставили фармшколе красивое, двухэтажное, кирпичное здание по улице Бульварной, ныне проспект Кирова, 36, в котором и сейчас располагается один из учебных корпусов колледжа.

Первый прием учащихся составил 100 человек. Первым директором школы был Шишов Вячеслав Антонинович – провизор по образованию. Первыми преподавателями фармшколы были профессора и преподаватели медицинского факультета Томского государственного университета и Томского технологического института.

В 1925 году фармшкола была переименована в «Первый Сибирский фармацевтический техникум»,  в 1954 году – фармацевтическое училище, а с 1993 года в медико-фармацевтический колледж.

C первого января 2012 года медико-фармацевтический колледж, включен в состав ГБОУ ВПО СибГМУ Минздрава России в качестве структурного подразделения.

Директора колледжа

1924 –1940 гг. Шишов Вячеслав Антонинович.

1941 – 1947 гг. Гильман Герш Лазоревич.

1947 – 1951 гг. Власова Серафима Константиновна.

1951 – 1955 гг. Нилов Александр Иванович.

1955 – 1962 гг. Байгулова Наталья Алексеевна.

1962 – 1965 гг. Галанчева Клавдия Викторовна.

1965 – 1968 гг. Зубарева Валентина Ивановна.

1968 – 1970 гг. Ядров Борис Никифорович.

1970 – 2010 гг. Алугишвили Захарий Зурабович, заслуженный учитель школы РФ, кандидат биологических наук.

2010 – 2012 гг. Микуцкая Татьяна Иосифовна, заслуженный работник здравоохранения РФ, кандидат медицинских наук.

С 2012 года Герасина Тамара Геннадьевна, кандидат медицинских наук.